对 RA 致病巨噬细胞血液前体的新见解
组织巨噬细胞的确切起源和前体分化途径仍存在争议。在 2024 年欧洲风湿病学协会联盟 (EULAR) 大会上，一项新研究揭示了致病组织巨噬细胞的血液前体。 类风湿性关节炎 (RA) 是一种自身免疫性疾病，可导致关节炎症和破坏。目前尚无治愈方法，尽管有许多治疗方法，但其有效性因人而异，表明致病多样性尚不明确。通过对 RA 中健康和发炎组织中的单细胞 RNA 测序对髓系细胞亚群进行深入表征，已识别出新的致病细胞状态和亚群，数据来自五项大型研究。但尚未系统地研究不同研究和不同区域（例如血液与滑膜组织）之间的亚群重叠。 Sebastien Viatte 在维也纳举行的 2024 年 EULAR 大会上发言时解释道：“我们想要绘制跨研究和跨区域的单核细胞亚群和状态图，以识别在 RA 患者中观察到的炎症滑膜巨噬细胞亚群的血液单核细胞前体“”。 考虑到这一点，该小组着手研究静止的人类血液单核细胞状态是否预先参与了炎症滑膜转录程序。首先，通过负选择富集健康志愿者和临床控制良好的 RA 患者（静止的 PBMC）的外周血单核细胞 (PBMC) 中的单核细胞，并进行单细胞 RNA 测序。然后，研究人员使用已发布的髓系细胞亚群，根据其表达分数的相似性将其映射到它们的模板上。应用分层方法合并相似的簇并创建共识图，并使用随机森林合并过度聚类的数据并识别新的髓系细胞状态 – 并生成健康人类血液中单核细胞状态的最终分类。最后，为了在蛋白质水平上提供实验验证，对 19 名炎症不受控制的 RA 患者的 PBMC 进行了深度免疫表型分析，并确定了 RA 中丰度增加的炎症细胞状态。 总而言之，这项研究生成了一个详尽的参考图谱，其中包含与 RA 相关的解剖区室中总共 11 个单核细胞状态。例如，可以显示不同的簇实际上代表相同的炎性滑膜巨噬细胞亚群，并且在转录上类似于静息外周血中存在的 IL1B+ 单核细胞亚群。 研究结果还显示，类风湿性关节炎患者和健康个体的外周血中均存在四种静止单核细胞状态，而未受控制的类风湿性关节炎患者的血液中则出现扩增。这些细胞很可能是致病组织巨噬细胞的血液前体。 这项工作很重要，因为它不仅定义了一种与 RA 相关的新单核细胞分类法（具有 11 种连续的细胞状态，可在解剖区域之间动态转换），而且还识别了致病组织巨噬细胞的潜在血液前体。 来源： 欧洲风湿病学会联盟 期刊参考： […]
研究发现 Plexin-B1 可能是治疗阿尔茨海默病的关键，可增强神经胶质细胞反应
最近发表在期刊上的一项研究 自然神经科学 发现 Plexin-B1 是由 PLXNB1调节阿尔茨海默病（AD）中斑块周围神经胶质网的激活。 AD 是一项重大的医学挑战，因为目前尚无有效的治疗方法。虽然淀粉样斑块是 AD 病理学的标志，但驱动淀粉样β蛋白 (Aβ) 沉积、清除和斑块压实的因素尚不清楚。最近的研究揭示了小胶质细胞吞噬和处理 Aβ 的过程。 学习： Plexin-B1 调节斑块周围神经胶质网中的细胞距离，影响阿尔茨海默病中的神经胶质活化和淀粉样蛋白压实. 图片来源：Juan Gaertner / Shutterstock 小胶质细胞的吞噬活性促进斑块压缩，限制健康神经元与斑块的接触。此外，小胶质细胞覆盖斑块可作为屏障，限制神经突与神经毒性原纤维 Aβ 热点的接触。淀粉样斑块也被反应性星形胶质细胞包围。因此，小胶质细胞和反应性星形胶质细胞与 Aβ 和彼此密切相互作用，形成斑块周围胶质网。 Plexin-B1 是一种轴突导向受体；plexins 及其同源配体介导发育、癌症和成人生理过程中的细胞间通讯。此前，作者将 plexin-B1 确定为晚发型 AD 子网络中的枢纽基因。此外，其他研究也独立地将 plexin-B1 与 AD 病理生理学联系起来；然而，功能性 活 缺乏数据。 研究与发现 在本研究中，研究人员调查了 plexin-B1 在 AD 中的功能意义。他们探索了基因表达数据库，发现 plexin-B1 主要在人类和小鼠中枢神经系统 (CNS) 的星形胶质细胞中表达。RNAscope 现场 对六个月大的 AD 淀粉样变性小鼠模型的脑切片进行了杂交和免疫荧光分析（APP/PS1 老鼠）。 高密度 […]
Fluent BioSciences 获得 NIH SBIR 拨款，用于将由 Ultima Genomics 测序提供支持的低成本百万细胞转录组分析试剂盒商业化，原型试剂盒现已发货
Fluent BioSciences 是一家尖端生命科学公司，通过简单、经济高效且高度可扩展的单细胞 RNA 测序解决方案引领单细胞分析革命，很高兴地宣布荣获 NIH 小型企业创新研究奖 (SBIR) ）第二阶段拨款，由国家普通医学科学研究所（NIGMS，2 R44 GM137648）资助。 这笔资金将支持 Ultima Genomics 低成本、高容量测序实现的百万细胞分析试剂盒的商业化。 Fluent BioSciences 开发的原型百万细胞 PIPseq 试剂盒最近在圣路易斯华盛顿大学 (WUSTL) 的 Samantha Morris 实验室进行了测试，该试剂盒能够在一次反应中对前所未有的细胞数量进行分析。 WUSTL 团队采用单细胞谱系追踪来研究如何通过细胞重编程来重建生理上准确的细胞类型。 Ultima Genomics 对原型百万细胞 PIPseq 数据的测序揭示了限制特定细胞重编程命运的克隆谱系树。 利用 PIPseq 无与伦比的可扩展性和 Ultima Genomics 经济实惠的高容量测序，WUSTL 证明细胞重编程研究可以轻松且经济地大规模进行。 “样品制备很简单，百万细胞试剂盒的规模为我们的单细胞谱系追踪观察提供了令人印象深刻的能力，” WUSTL 副教授 Samantha Morris 说道。 “Fluent BioSciences 和 Ultima 之间的合作代表着在突破单细胞分析界限方面的显着协同作用，” Fluent BioSciences 首席执行官布莱恩·麦克南 (Brian McKernan) […]
mRNA m6A 和假尿苷的同时纳米孔分析揭示了翻译协调
Roundtree, IA、Evans, ME、Pan, T. 和 He, C. 基因表达调控中的动态 RNA 修饰。 细胞 169，1187–1200（2017）。 文章 中科院 考研 考研中心 谷歌学术 Frye, M.、Harada, BT、Behm, M. 和 He, C. RNA 修饰调节发育过程中的基因表达。 科学 第361章，1346–1349（2018）。 文章 中科院 考研 考研中心 谷歌学术 杰克逊，洛杉矶等人。 针对 SARS-CoV-2 的 mRNA 疫苗 – 初步报告。 N. 英格兰。 J.医学。 第383章，1920-1931（2020）。 文章 中科院 考研 谷歌学术 卡里科，K.等人。 将假尿苷掺入 mRNA 中可产生优异的非免疫原性载体，具有更高的翻译能力和生物稳定性。 摩尔。 瑟尔。 […]
研究观察到转向纯素和酮饮食的个体出现快速免疫反应
在最近发表的一项研究中 自然医学, 一组研究人员评估了纯素和生酮饮食对人类免疫反应和肠道微生物群的影响。 学习： 纯素食与生酮饮食在人类中引起的差异性外周免疫特征。 图片来源：Boontoom Sae-Kor/Shutterstock.com 背景 营养显着影响生理过程，包括免疫调节，为癌症和慢性炎症等疾病的饮食疗法提供了潜力。 研究表明，低脂纯素食或素食饮食可以降低炎症和心脏病风险，而生酮饮食可能有益于某些癫痫类型并减少神经炎症。 然而，饮食对人体免疫力的确切影响仍不清楚。 饮食选择不仅影响营养摄入，还影响肠道微生物群，这对健康至关重要。 尽管动物研究表明饮食-微生物组-免疫之间存在明确的关系，但其对人类免疫的影响尚不清楚。 需要进一步的研究来充分了解不同饮食和人类免疫反应之间复杂的相互作用，从而能够开发定制的营养干预措施以改善健康结果。 关于该研究 本研究于 2019 年 4 月至 2020 年 3 月在美国国立卫生研究院 (NIH) 临床中心进行。 参与者年龄在 18 岁至 50 岁之间，没有代谢疾病和心血管疾病。 参与者在了解研究风险后表示同意，并被随机分配先遵循纯素或生酮饮食两周，然后改用替代饮食。 膳食按照膳食指南准备并监测摄入量。 收集参与者的血液样本用于各种分析，包括流式细胞术、转录组学、蛋白质组学和代谢组学。 该研究还利用收集的粪便样本研究了肠道微生物组。 然而，并非所有参与者都同意广泛的数据共享，限制了某些数据集的可用性。 尽管具体样本量是探索性确定的，但该研究具有统计效力来评估其主要和次要结果。 饮食干预包括设计膳食以确保遵守各自的饮食习惯。 研究人员分析了这些饮食对各种健康指标的影响，但研究人员并没有对饮食分配视而不见。 处理血液样本以进行多次分析。 分离外周血单核细胞 (PBMC) 用于流式细胞术和核糖核酸 (RNA) 分析。 对血液和血浆样本的分析提供了有关饮食对免疫系统和代谢途径的影响的见解。 研究结果 在这项研究中，20 名参与者接受了交叉饮食干预，即以随机顺序同时食用高脂肪、低碳水化合物生酮饮食和低脂肪、高碳水化合物纯素饮食，每人为期两周。 两种饮食都以非淀粉类蔬菜为基础，但在其他成分上存在显着差异：生酮饮食包括动物性产品，而纯素饮食则包含植物性食物。 不同饮食之间的营养摄入量（特别是脂肪酸和氨基酸）存在显着差异。 该研究评估了这些饮食对参与者的免疫细胞、基因表达、蛋白质组成、肠道微生物群和代谢特征的影响。 进行了各种分析，包括流式细胞术、蛋白质组学、微生物组测序、RNA 测序和代谢组学，但由于样本可用性，并非所有参与者都对每个数据集做出了贡献。 流式细胞术显示，无论饮食顺序如何，两种饮食都会引起免疫细胞组成的显着变化。 […]
KARR-seq 揭示细胞高阶 RNA 结构和 RNA-RNA 相互作用
细胞培养 维持A549（美国典型培养物保藏中心（ATCC），CCL-185），HEp-2（ATCC，CCL-23），Vero CCL81（ATCC，CRLCCL81），HEK293T（ATCC，CRL11268）和HepG2（ATCC，HB8065）细胞在含有 10% (v/v) FBS (Gibco) 和青霉素-链霉素的 DMEM (Gibco, 11995) 中。 F123 mESC（Bing Ren 实验室，加州大学圣地亚哥分校）在含有 10% (v/v) FBS、1 mM L-谷氨酰胺 (Gibco)、0.1 mM β-巯基乙醇 (Gibco) 的 DMEM (Gibco, 11995) 中培养, 1% (v/v) 非必需氨基酸储备液 (100×, Gibco), 1,000 U ml−1 LIF（密理博）和青霉素-链霉素。 K562 细胞 (ATCC, CCL243) 在含有 10% (v/v) FBS 和青霉素-链霉素的 RPMI 1640 (Gibco 11875) 中培养。 果蝇 S2 […]
使用 Raman2RNA 通过拉曼显微镜预测活细胞中的单细胞 RNA 表达谱
Tanay, A. 和 Regev, A. 将单细胞基因组学从现象学扩展到机制。 自然 第541章，331–338（2017）。 文章 中科院 考研 考研中心 谷歌学术 特拉普内尔，C.等人。 单细胞的伪时间排序揭示了细胞命运决定的动态和调节因素。 纳特。 生物技术。 32，381–386（2014）。 文章 中科院 考研 考研中心 谷歌学术 希宾格，G.等人。 单细胞基因表达的最佳运输分析确定了重编程的发育轨迹。 细胞 176，928–943.e22（2019）。 文章 中科院 考研 考研中心 谷歌学术 拉曼诺，G.等人。 单细胞的 RNA 速度。 自然 第560章，494–498（2018）。 文章 考研 考研中心 谷歌学术 Bergen, V.、Lange, M.、Peidli, S.、Wolf, FA 和 Theis, FJ 通过动态建模将 RNA 速度推广到瞬时细胞状态。 纳特。 生物技术。 […]