mRNA m6A 和假尿苷的同时纳米孔分析揭示了翻译协调

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  • Frye, M.、Harada, BT、Behm, M. 和 He, C. RNA 修饰调节发育过程中的基因表达。 科学 第361章,1346–1349(2018)。

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  • 卡里科,K.等人。 将假尿苷掺入 mRNA 中可产生优异的非免疫原性载体,具有更高的翻译能力和生物稳定性。 摩尔。 瑟尔。 16,1833-1840(2008)。

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  • 安德森,BR 等人。 将假尿苷掺入 mRNA 中可通过减少 PKR 激活来增强翻译。 核酸研究。 38,5884–5892(2010)。

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  • 马丁内斯,NM 等人。 假尿苷合酶可共转录修饰人类前 mRNA 并影响前 mRNA 加工。 摩尔。 细胞 82,645–659(2022)。

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  • Lorenz, DA、Sathe, S.、Einstein, JM 和 Yeo, GW 直接 RNA 测序能够以碱基特异性分辨率检测内源转录亚型中的 m(6)A。 核糖核酸 26,19-28(2020)。

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  • 黄,S.等人。 通过定量纳米孔分析对人 mRNA 进行干扰素诱导的假尿苷修饰。 基因组生物学。 22,330(2021)。

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  • 普拉坦瓦尼奇,PN 等人。 使用 xPore 从纳米孔直接 RNA 测序中鉴定差异 RNA 修饰。 纳特。 生物技术。 39,1394–1402(2021)。

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  • 贝吉克,O.等人。 通过纳米孔测序对天然 RNA 中的假尿苷化动力学进行定量分析。 纳特。 生物技术。 39,1278–1291(2021)。

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  • Fleming, AM、Mathewson, NJ、Howpay Manage、SA 和 Burrows, CJ 纳米孔驻留时间分析允许对 SARS-CoV-2 中的假尿苷进行测序和构象分配。 ACS中心。 科学。 7,1707–1717(2021)。

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  • 高,Y.等人。 茎分化木质部中 N(6)-甲基腺苷的单碱基分辨率定量分析 毛果杨 使用 Nanopore 直接 RNA 测序。 基因组生物学。 22,22(2021)。

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  • Hassan, D.、Acevedo, D.、Daulatabad, SV、Mir, Q. 和 Janga, SC Penguin:用于预测直接 RNA 纳米孔测序数据中的假尿苷位点的工具。 方法 203,478–487(2022)。

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  • Piechotta, M.、Naarmann-de Vries, IS、Wang, Q.、Altmuller, J. 和 Dieterich, C. 使用 JACUSA2 进行 RNA 修饰映射。 基因组生物学。 23,115(2022)。

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  • 拉马萨米,S.等人。 一种在纳米孔直接 RNA 测序中区分 RNA 修饰的信息学方法。 基因组学 114,110372(2022)。

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  • 亨德拉,C.等人。 使用多实例学习框架通过直接 RNA 测序检测 m6A。 纳特。 方法 19,1590–1598(2022)。

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  • 刘,R.等人。 用于检测 SARS-CoV-2 RNA 测序中 m(6)A 修饰的混合权重神经装袋。 IEEE 传输。 生物医学。 工程师。 69,2557–2568(2022)。

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  • 秦,H.等人。 DENA:使用纳米孔测序数据训练真实的神经网络模型 拟南芥 用于检测和定量 RNA 上 N(6)-甲基腺苷的转录本。 基因组生物学。 23,25(2022)。

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  • 张,Y.,黄,D.,魏,Z.和陈,K。从牛津纳米孔直接RNA测序数据中初级序列辅助预测m(6)A RNA甲基化位点。 方法 203,62–69(2022)。

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  • 拉马萨米,S.等人。 基于化学探针的纳米孔测序可选择性评估 RNA 修饰。 ACS 化学。 生物。 17 号,2704–2709(2022)。

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  • 塔瓦科利,S.等人。 使用直接长读长测序对人类 mRNA 中的假尿苷修饰和 I/II 型超修饰进行半定量检测。 纳特。 常见的。 14,334(2023)。

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  • 于,F.等人。 通过直接 RNA 测序识别 RNA 修饰揭示了水稻表观转录组动力学的复杂性。 基因组学 蛋白质组学 生物信息学 21,788–804(2023)。

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  • 价格,AM 等。 直接 RNA 测序表明,腺病毒 RNA 上的 m(6)A 修饰对于有效剪接是必要的。 纳特。 常见的。 11,6016(2020)。

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  • 刘,C.等人。 使用 GLORI 对哺乳动物转录组中单碱基 m(6)A 甲基化进行绝对定量。 纳特。 生物技术。 41,355–366(2023)。

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  • 戴,Q.等人。 使用 BID-seq 的定量测序以碱基分辨率揭示了哺乳动物 mRNA 中丰富的假尿苷。 纳特。 生物技术。 41,344–354(2023)。

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  • 2024-02-06 00:00:00
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