表征数据集不平衡对单细胞数据集成的影响

  • Argelaguet,R.等人。 单细胞分辨率下小鼠原肠胚形成的多组学分析。 自然 第576章,487–491(2019)。

  • Chiou,J.等人。 用遗传学和单细胞表观基因组学解释 1 型糖尿病风险。 自然 第594章,398–402(2021)。

    文章
    ADS
    中科院
    考研
    考研中心

    谷歌学术

  • Pijuan-Sala,B. 等人。 小鼠原肠胚形成和早期器官发生的单细胞分子图。 自然 第566章,490–495(2019)。

    文章
    ADS
    中科院
    考研
    考研中心

    谷歌学术

  • 特兰,HTN 等。 单细胞 RNA 测序数据批量效应校正方法的基准。 基因组生物学。 21,12(2020)。

    文章

    谷歌学术

  • 阿梅斯基塔,RA 等人。 使用 Bioconductor 协调单细胞分析。 纳特。 方法 17 号,137–145(2020)。

    文章
    中科院
    考研

    谷歌学术

  • 明,J.等人。 FIRM:将单细胞 RNA 测序数据灵活集成到大规模多组织细胞图谱数据集。 简短的。 生物信息。 23,bbac167(2022)。

  • 吕肯,医学博士等。 单细胞基因组学中图谱级数据集成的基准测试。 纳特。 方法 19,41–50(2022)。

    文章
    中科院
    考研

    谷歌学术

  • 郑,GX 等。 单细胞的大规模并行数字转录分析。 纳特。 常见的。 8,14049(2017)。

  • 10x 基因组学。 来自健康供体的 8k PBMC,Cell Ranger 2.1.0 的单细胞基因表达数据集。 https://www.10xgenomics.com/resources/datasets/8-k-pbm-cs-from-a-healthy-donor-2-standard-2-1-0 (2017)。

  • 曹,J.等人。 哺乳动物器官发生的单细胞转录景观。 自然 第566章,496–502(2019)。

    文章
    ADS
    中科院
    考研
    考研中心

    谷歌学术

  • 阿卜杜拉尔,T.等人。 单细胞RNA测序数据自动细胞识别方法的比较。 基因组生物学。 20,194(2019)。

    文章
    考研
    考研中心

    谷歌学术

  • 克拉克,ZA 等人。 教程:使用自动和手动方法注释单细胞转录组图谱的指南。 纳特。 协议。 16,2749–2764(2021)。

    文章
    中科院
    考研

    谷歌学术

  • Saelens, W.、Cannoodt, R.、Todorov, H. 和 Saeys, Y. 单细胞轨迹推断方法的比较。 纳特。 生物技术。 37,547–554(2019)。

    文章
    中科院
    考研

    谷歌学术

  • 丁,J.等人。 单细胞和单核 RNA 测序方法的系统比较。 纳特。 生物技术。 38,737–746(2020)。

    文章
    中科院
    考研
    考研中心

    谷歌学术

  • 弗拉多尤,MC 等人。 儿童小脑肿瘤反映了保守的胎儿转录程序。 自然 第572章,67–73(2019)。

    文章
    ADS
    中科院
    考研
    考研中心

    谷歌学术

  • 彭,J.等人。 单细胞 RNA-seq 突出了胰腺导管腺癌的瘤内异质性和恶性进展。 细胞研究。 29,725–738(2019)。

    文章
    中科院
    考研
    考研中心

    谷歌学术

  • 波兰斯基,K. 等人。 BBKNN:单细胞转录组的快速批量比对。 生物信息学 36,964–965(2020)。

    文章
    考研

    谷歌学术

  • 科尔孙斯基,I.等人。 通过 Harmony 快速、灵敏且准确地整合单细胞数据。 纳特。 方法 16,1289–1296(2019)。

    文章
    中科院
    考研
    考研中心

    谷歌学术

  • Hie, B.、Bryson, B. 和 Berger, B. 使用 Scanorama 有效整合异质单细胞转录组。 纳特。 生物技术。 37,685–691(2019)。

    文章
    中科院
    考研
    考研中心

    谷歌学术

  • Lopez, R.、Regier, J.、Cole, MB、Jordan, MI 和 Yosef, N. 单细胞转录组学的深度生成模型。 纳特。 方法 15,1053–1058(2018)。

    文章
    中科院
    考研
    考研中心

    谷歌学术

  • 斯图尔特,T.等人。 单细胞数据的全面整合。 细胞 177,1888-1902(2019)。

    文章

    谷歌学术

  • Buuitinck,L.等人。 机器学习软件的 API 设计:来自 scikit-learn 项目的经验。 预印本于 https://doi.org/10.48550/arXiv.1309.0238 (2013)。

  • Goutte, C. & Gaussier, E. 精确率、召回率和 F-score,具有评估意义。 在 信息检索的进展 345–359。 https://doi.org/10.1007/978-3-540-31865-1_25 (施普林格,2005)。

  • Luecken, MD 和 Theis, FJ 单细胞 RNA-seq 分析的当前最佳实践:教程。 摩尔。 系统。 生物。 15,e8746(2019)。

  • 郝,Y.等人。 多模态单细胞数据的综合分析。 细胞 184,3573–3587(2021)。

    文章

    谷歌学术

  • Svensson, V.、da Veiga Beltrame, E. 和 Pachter, L. 精心策划的数据库揭示了单细胞转录组学的趋势。 数据库(牛津) 2020年,baaa073(2020)。

    文章
    考研

    谷歌学术

  • 多门,J.等人。 使用机器学习在单细胞水平识别肿瘤细胞。 基因组生物学。 23,123(2022)。

    文章

    谷歌学术

  • Trinh,MK 等人。 从单细胞转录组等位基因不平衡中精确鉴定癌细胞。 交流。 生物。 5,884(2022)。

    文章
    中科院
    考研
    考研中心

    谷歌学术

  • Xu, Y., Liu, J., Nipper, M. & Wang, P. 导管与腺泡? 识别胰腺导管腺癌细胞谱系的最新见解。 安. 胰腺。 癌症 2,11(2019)。

    文章
    考研
    考研中心

    谷歌学术

  • Backx,E.等人。 胰腺癌的起源:外分泌细胞可塑性角度的分子肿瘤亚型。 细胞分子。 胃肠病。 肝醇。 13,1243–1253(2022)。

    文章
    中科院
    考研

    谷歌学术

  • Hubert, L. & Allemand, P. 比较分区。 J.Classif。 2,193-218(1985)。

    文章

    谷歌学术

  • Vinh, NX, Epps, J. 和 Bailey, J. 用于聚类比较的信息论测量:变体、属性、归一化和机会校正。 J.马赫. 学习。 资源。 11,2837–2854(2010)。

    数学科学网

    谷歌学术

  • Argelaguet, R.、Cuomo, AS、Stegle, O. 和 Maroni, JC 单细胞数据集成的计算原理和挑战。 纳特。 生物技术。 39,1202–1215(2021)。

    文章
    中科院
    考研

    谷歌学术

  • Ogbeide, S.、Giannese, F.、Mincarelli, L. 和Macaulay, IC 进入多元宇宙:单细胞多组学分析的进展。 趋势基因。 38,831–843(2022)。

    文章
    中科院
    考研

    谷歌学术

  • Andreatta, M. & Carmona, SJ STACAS:在 Seurat 中进行亚型锚定校正以整合单细胞 RNA-seq 数据。 生物信息学 37,882–884(2021)。

    文章
    中科院
    考研

    谷歌学术

  • Johansen, N. 和 Quon, G. ScAlign:一种用于从 scRNA-seq 数据中进行比对、整合和稀有细胞识别的工具。 基因组生物学。 20,166(2019)。

    文章
    考研
    考研中心

    谷歌学术

  • Hu, Z., Ahmed, AA & Yau, C. CIDER:用于单细胞 RNA-seq 数据集成和评估的可解释元聚类框架。 基因组生物学。 22,337(2021)。

    文章
    中科院
    考研
    考研中心

    谷歌学术

  • Demetçi, P.、Santorella, R.、Sandstede, B. 和 Singh, R. 单细胞多组学数据集与不成比例的细胞类型表示的无监督整合。 预印本于 生物Rxiv https://doi.org/10.1101/2021.11.09.467903 (2022)。

  • Wolf, FA、Angerer, P. 和 Theis, FJ SCANPY:大规模单细胞基因表达数据分析。 基因组生物学。 19,15(2018)。

    文章
    考研
    考研中心

    谷歌学术

  • McGinnis, CS, Murrow, LM & Gartner, ZJ DoubletFinder:使用人工最近邻在单细胞 RNA 测序数据中进行双联体检测。 细胞系统。 8,329–337(2019)。

    谷歌学术

  • 阿兰,D.等人。 基于参考的肺单细胞测序分析揭示了一种过渡性促纤维化巨噬细胞。 纳特。 免疫学。 20,163–172(2019)。

    文章
    中科院
    考研
    考研中心

    谷歌学术

  • Chijimatsu,R.等人。 建立人胰腺癌参考单细胞RNA测序数据集。 科学 25,104659(2022)。

    文章
    ADS
    中科院
    考研
    考研中心

    谷歌学术

  • Tickle, T.、Tirosh, I.、Georgescu, C.、Brown, M. 和 Haas, B. 从单细胞 RNA-seq 数据推断拷贝数变异。 https://doi.org/doi:10.18129/B9.bioc.infercnv (2019)。

  • 斯蒂尔,NG 等人。 人类胰腺癌肿瘤和外周血免疫景观的多模式图谱。 纳特。 癌症 1,1097–1112(2020)。

    文章
    中科院
    考研
    考研中心

    谷歌学术

  • 陈,K.等人。 使用定量病理学和单细胞 RNA 测序进行胰腺癌的免疫分析和预后模型。 J.翻译。 医学。 21,210(2023)。

    文章
    中科院
    考研
    考研中心

    谷歌学术

  • 韦尔奇,JD 等人。 单细胞多组学整合比较和对比脑细胞身份的特征。 细胞 177,1873–1887(2019)。

    文章

    谷歌学术

  • McInnes, L.、Healy, J. 和 Melville, J. UMAP:降维的均匀流形逼近和投影。 预印本于 https://doi.org/10.48550/arXiv.1802.03426 (2018)。

  • 弗吉尼亚州 Traag、L. Waltman 和新泽西州 van Eck 从鲁汶到莱顿:保证社区互联互通。 科学。 代表。 9,5233(2019)。

    文章
    ADS
    中科院
    考研
    考研中心

    谷歌学术

  • 沃尔夫,FA 等人。 PAGA:图形抽象通过单细胞的拓扑保留图来协调聚类与轨迹推断。 基因组生物学。 20,59(2019)。

    文章
    考研
    考研中心

    谷歌学术

  • Haghverdi, L.、Büttner, M.、Wolf, FA、Buettner, F. 和 Theis, FJ 扩散伪时间稳健地重建了谱系分支。 纳特。 方法 13,845–848(2016)。

    文章
    中科院
    考研

    谷歌学术

  • 维纳 (BJ)、布朗 (DR) 和米歇尔斯 (KM) 实验设计中的统计原理 第三版(McGraw-Hill,1991)。

  • Rosenberg, A. 和 Hirschberg, J. V-Measure:基于条件熵的外部聚类评估措施。 过程。 2007年自然语言处理和计算自然语言学习实证方法联席会议 410–420(计算语言学协会,2007 年)。

  • 2024-03-01 00:00:00
    1709373929

    Leave a Reply

    Your email address will not be published. Required fields are marked *

    近期新闻​

    编辑精选​