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作者单位：国家和世界动物卫生组织参考实验室 沙门氏菌威尼斯动物预防实验研究所，莱尼亚罗意大利
对人类健康和动物生产构成威胁的变种的出现是该病流行病学的特征 沙门氏菌 （1) 及其变体 肠沙门氏菌 Infantis 血清型（抗原式 6,7:r:1,5）。 在过去的几十年里，这种血清型在家禽产业链中迅速崛起。 截至 2024 年，它是欧盟从肉鸡中分离出的最流行的血清型，也是人类 4 种最常见的血清型之一（2,3）。 欧盟委员会确定 沙门氏菌 Infantis 作为目标血清型，如果在繁殖群中分离，则必须对其采取控制措施 公鸡就是公鸡 鸡（4）。 意大利实施的一些强制性控制措施是在农场采取的适当卫生措施； 消灭或屠宰 沙门氏菌– 阳性禽类及其屠体管理按照 EC 法规第 1 号规定进行。 1069/2009； 以及处理所产生的鸡蛋 沙门氏菌 婴儿感染阳性群体以及鸡群环境和设施的额外清洁和消毒程序。 一经发现，将采取严格、有针对性的管控措施 沙门氏菌 婴儿病毒阳性鸡群（5）需要标准化的分析方法（即 ISO 6579:1 用于分离 沙门氏菌 以及基于考夫曼-怀特血清分型方案或经过验证的替代方法的方法），以确保高质量的监测、迅速识别阳性样本并迅速实施根除措施。
具有不完整抗原配方的分离株，其携带典型的鞭毛抗原 沙门氏菌 Infantis (r:1,5)，但缺乏体细胞 (6,7)，已越来越多地从意大利的家禽来源中分离出来。 负责实验室 沙门氏菌 需要控制和监视来快速识别和表征这些分离株，以确定这些非典型变异是否是 沙门氏菌 婴儿菌株并因此在农场进行隔离以进行繁殖 鸡鸡 鸡。 我们的调查还包括从食品基质中分离出的具有非典型特征的菌株，以估计它们沿家禽链的传播。
我们一共测试了31个 沙门氏菌 可能归因于的菌株 沙门氏菌 婴儿，但缺乏来自动物（N = 20）和食物（N = 11）的完整抗原配方的表达。 这些菌株是在 2014 年至 2022 年期间从意大利不同地区采集的样本中分离出来的（桌子）。 我们包括 1 种野生型 沙门氏菌 从食品中分离出的婴儿菌株作为参考。 我们对全部进行了血清分型 沙门氏菌 通过玻片凝集分离 沙门氏菌 抗血清样品（Statens Serum Institut，哥本哈根，丹麦）； 我们根据 ISO 6579:3 指定抗原配方。 如果传统血清分型由于未表达完整的抗原分子式而无法提供结论性结果，我们可以使用 xMAP 进行分子血清分型 沙门氏菌 血清分型测定（6）。 特别是，体细胞抗原与 C1 探针呈阳性匹配（来电 基因）预计在野生型的情况下 沙门氏菌 婴儿分离株。 在琼脂胰蛋白糖固体培养基上研究集落形态。 我们使用 Sensititer EUVSEC 面板（TREK 诊断系统；ThermoFisher， https://www.thermofisher.com）并根据欧洲抗生素敏感性测试委员会 (EUCAST) 流行病学临界值解释结果。 我们选择了 美国政府 基因 (SIN_02055) 作为特定的标记基因 沙门氏菌 婴儿； 我们使用了 Yang 等人描述的针对该基因的 PCR。 （7）作为鉴定标记来测试菌株是否属于 沙门氏菌 婴儿血清型。 最后，我们按照 Petrin 等人的描述进行了全基因组测序。 （8）并使用了核心基因组多位点序列分型（cgMLST）方案方法（9）评估所研究菌株之间以及与野生型的遗传相关性 沙门氏菌 婴儿菌株。 我们还按照 Costa 等人的描述进行了计算机血清分型。 （9）。
图1
图1。 菌落形态比较 肠沙门氏菌 2014-2022 年在意大利收集的婴儿血清型分离株。 分离物在琼脂胰蛋白糖固体培养基上生长24小时。 A) 粗糙菌落来自…
32株中有31株不与体血清标本的6,7抗原发生凝集，表明其抗原分子式为-:r:1,5（桌子）。 分子血清分型鉴定出 9 个菌株与 C1 体细胞探针相匹配。 其中，3 种是从食物中分离出来的，6 种是从动物来源中分离出来的。 对于其余 22 个菌株，C1 体细胞探针检测结果呈阴性。 典型检测 沙门氏菌 所有测试菌株的婴儿鞭毛抗原均呈阳性。 计算机血清分型未提供 27 个分离株 O 抗原编码区的结论性结果； 这些结果表明需要进一步分析。 26 个菌株表现出粗糙的菌落形态（图1），在许多情况下，这有助于提高免疫防御的敏感性，即使仍不清楚这些菌株是否致病（10）。 大多数选定的菌株对多种抗菌药物（氨苄西林、环丙沙星、阿奇霉素、萘啶酸、四环素、甲氧苄啶和磺胺甲恶唑）具有相似的耐药性模式。附录 表）典型的流行野生型 沙门氏菌 婴儿菌株在肉鸡群体中传播（1）。
图2
图2。 基于核心基因组MLST分析的最小生成树 沙门氏菌 肠道 2014-2022 年在意大利收集的婴儿血清型菌株，包括非典型分离株（S。 -:r:1,5)。 A）…
所有 31 个具有不完全抗原式的分离株以及具有完整抗原式的分离株均具有 美国政府 基因存在于他们的基因组中； 该基因的存在可以被认为是快速诊断那些体细胞抗原表达不完全的非典型菌株的有前途的工具。 cgMLST 为确定分离株之间的遗传相关性而进行的调查并未使我们能够识别不同的分离株 沙门氏菌 考虑到传统血清分型（图2图 A）和分子血清分型（图2面板 B）。
我们的结果描述了异质性 沙门氏菌 婴儿菌株广泛存在于意大利的家禽食物链中。 这种异质性似乎涉及抗原编码遗传背景，这可能也会影响集落形态（11）。 众所周知，粗略的形态 沙门氏菌 分离株源自脂多糖 O 抗原编码基因的缺失或截短（12）。 然而，在我们的研究中，我们无法将非典型菌株鉴定出的粗略表型与缺乏 来电 基因也不与分离基质和来源相关。 基因组水平的进一步分析将阐明缺失/截断模式并识别相关基因； 编码 O 抗原的遗传区域由许多不同的基因组成（13,14）。
我们发现缺乏完整抗原公式表达的非典型菌株在遗传上与野生型无法区分 沙门氏菌 婴儿。 我们还发现了所有研究的非典型分离株共有的抗菌素耐药谱的明确迹象，该谱对野生型循环克隆中常见的多种抗菌化合物产生了耐药性。 沙门氏菌 孩子们 （1,15）。 这种相似性导致这些体细胞变异分离株可能与野生型接近 沙门氏菌 婴儿分离株，显示出完整的抗原配方。 之间的密切关系 沙门氏菌 具有不完整抗原配方的婴儿和变异分离株以及缺乏 O 抗原表达的原因应进一步研究。 识别非典型菌株会带来诊断问题，因为它们不会被识别为 沙门氏菌 通过传统的血清分型来检测婴儿，这仍然是负责实验室最常用的方法 沙门氏菌 监视。 识别此类非典型菌株的困难可能会影响对受感染家禽群的及时识别，并妨碍及时实施立法要求的有针对性的控制措施，这将对公众健康产生严重影响。
Petrin 博士是国家和 WOAH 参考实验室微生物学部的生物技术专家。 沙门氏菌 在意大利。 她的主要研究兴趣是分子流行病学和抗菌药物耐药性。 沙门氏菌。
我们感谢实验动物预防研究所、伦巴第和艾米利亚-罗马涅实验动物预防研究所、阿布鲁佐和莫利塞实验动物预防研究所、普利亚和巴西利卡塔实验动物预防研究所、拉齐奥和托斯卡纳实验动物预防研究所以及翁布里亚和马尔凯实验动物预防研究所，贡献了 沙门氏菌 用于本研究的菌株。
原始序列数据已提交给欧洲核苷酸档案馆（https://www.ebi.ac.uk/ena）根据入藏号。 PRJEB72047。
这项工作得到了意大利卫生部的支持（授权号：RC IZS VE 02/23 家禽供应链中新兴病原体的发病机制和流行病学：新兴克隆的持久性和适应） 沙门氏菌 婴儿和新的生物防治策略）。
2024-03-18 17:30:36
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